Organisatorisch ist die Geschäftsstelle von ETH Sustainability direkt dem Präsidenten der ETH Zürich, Prof. Ralph Eichler, unterstellt. Dieser entscheidet über das Gesamtbudget der Geschäftsstelle und steht in engem Austausch mit der Geschäftsführerin von ETH Sustainability.
Strategisch wird ETH Sustainability von einem Lenkungsausschuss geleitet. Dieser bestimmt Themen, Initiativen und Veranstaltungen, die von ETH Sustainability aufgegriffen und umgesetzt werden. Ferner entscheidet der Lenkungsausschuss im Rahmen des Gesamtbudgets über die Höhe der finanziellen Unterstützung der einzelnen Projekte. Er stellt sicher, dass die Aktivitäten im ETH-Schwerpunkt «Nachhaltige Welten» sowohl ETH-intern als auch nach aussen hin sichtbar und zugänglich sind.
Für die praktische Umsetzung der Nachhaltigkeitstätigkeiten ist das Team der Geschäftsstelle verantwortlich.